Avskedsvalsen utspelar sig i en liten tjeckisk kurort. Här bor Ruzena, en vacker sjuksköterska som blivit gravid och som till varje pris vill att den populäre jazzmusikern Klima ska vara far till barnet. Trots att de bara tillbringat en natt tillsammans. Klima är djupt förälskad i sin hustru, och försöker desperat förmå Ruzena att göra abort.
I dansen träder också den politiskt belastade Jakub, som står i begrepp att lämna landet sedan han utfört en sista viktig handling. Och Dr. Skreta, kurortens chefsgynekolog, som kanske själv är far till alla de barn som avlats genom insemination...